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El Parque Nacional de Aigües Tortes y Lago de Sant Maurici contiene una magnífica representación de las características de la Cordillera Pirenaica, tanto por sus formaciones geológicas como por su flora y fauna. Sin embargo, dentro de esta variedad, el parque adquiere su más acusada personalidad por sus característicos meandros de alta montaña de los que toma el nombre. También son característicos sus dos centenares de lagos y sus impresionantes riscos de Els Encantats y del Montarto.

Las variaciones climáticas de los periodos glaciares, con sus alternancias de humedad-sequía, y frío-calor, fueron las determinantes principales de la distribución actual de la fauna y la flora, mediante las forzadas emigraciones de las mismas, quedando configurado el conjunto, muy parecido a como lo vemos hoy día, hace unos 20 o 30.000 años. Al estar los dos valles principales orientados en dirección este-oeste, la diferencia de insolación es muy marcada entre la solana y la umbría, lo que afecta directamente al tipo de vegetación que se desarrolla en cada una de ellas.

Las duras condiciones de montaña han producido en las especies que lo habitan, una serie de modificaciones en su régimen de vida, con el fin de adaptarse a estas condiciones. El clima invernal supone una barrera ecológica que no todos consiguen atravesar y la altitud afecta a una menor densidad del aire, lo que lleva en ocasiones a cambios en la fisonomía de las especies. Por ejemplo en las chovas (especies habituales de las alturas) se llega a observar un menor porte de las alas. Gran parte de la avifauna del Parque emigran para evitar los rigores del invierno.

De esta forma el clima y las variaciones de altitud hacen que las comunidades vegetales se presenten en diferentes niveles, más o menos paralelo, llamados pisos de vegetación. La vida vegetal se vio decisivamente influida por el glaciarismo Cuaternario, que obligó a las especies a un repetido movimiento de avance y retroceso hasta quedar estratificada en sus respectivos pisos altitudinales.

Piso Montano.

El piso inferior o de montaña, desde los 900-1.000 m hasta los 1.600-1.700 m. Es el reino del pino silvestre (Pinus sylvestris) y abeto (Abies alba), estas dos especies son las más características de este piso. El pino es una especie poco exigente en cuanto al suelo ya que se adapta a todo tipo de suelos y debido a que es una especie muy resistente se muestra como un excelente pionero de los terrenos que han sido barridos por los aludes. Sin embargo el abeto es una especie más exigente en cuanto a las condiciones de humedad, necesitando precipitaciones anuales de al menos 1.000 litros por metro cuadrado y se encuentra el límite superior del bosque natural.

En los abetales y pinares de pino silvestre observaremos al ciervo (Cervus elaphus).
Otras especies que se desarrollan en esta zona son las especies de hoja caduca que tan intenso cromatismo aportan al paisaje en otoño. El roble (Quercus pubescens), la encina (Quercus ilex rotundifolia), el haya (Fagus sylvatica), frecuente competidor del abeto que no encuentra en el Parque un óptimo desarrollo debido a las bajas temperaturas invernales, el abedul (Betula pendula), con su característica corteza blanquecina que coloniza en solitario los suelos pedregosos desnudados por los aludes, el álamo temblón (Populus tremula), el avellano (Corylus avellana), que exhibe su ramificado tronco empleado por los pastores ya que proporciona varas ligeras y un fruto nutritivo por su alto contenido en aceites y el fresno (Fraxinus excelsior) cuya madera ha sido muy utilizada. Las especies arbóreas forman bosques mixtos caducifolios y pinares. Una planta característica de estos bosques es la orquídea (Neottia nidus-avis).
El sotobosque que acompaña a las especies arbóreas está formado principamente por especies como el boj (Buxus sempervirens), utilizado en la elaboración de cucharas, husos y silbatos, el arándano (Vaccinium myrtillus), y el rododendro (Rhododendron ferrugineum) que acompaña a al abedul.

Entre los habitantes más característicos de estos bosques se encuentran la ardilla (Sciurus vulgaris), el corzo (Capreolus capreolus), el gamo (Dama dama) y el jabalí (Sus scrofa).

En los hayedos y bosques mixtos de caducifolios podemos observar al lirón gris (Myoxus glis) y al ratón de campo (Apodemus sylvaticus), que forman parte de la comunidad de pequeños mamíferos de estos bosques; el pito negro (Dryocopus martius) alcanza densidades elevadas en estos ambientes, sobre todo en bosques con árboles viejos y que por los requerimientos ambientales que tiene, es una buena especie indicadora de la salud de nuestros bosques.

En los hayedos y pinares de pino silvestre viven el sapo común (Bufo bufo), el sapo partero (Alytes obstetricans) y la salamandra (Salamandra salamandra). El sapo común y la rana bermeja (Rana temporaria) acuden a los arroyos en primavera para reproducirse, mientras que la salamandra y el sapo partero depositan las larvas en aguas mansas o en pequeñas fuentes. También en estos bosques es posible descubrir a la garduña (Martes foina).

En los abetales y pinares de pino silvestre podemos observar un gran mamífero como el ciervo (Cervus elaphus) aunque es más frecuente en las riberas aranesas y del Pallars Sobirà.

Piso Subalpino.

En el piso subalpino, situado a continuación del anterior, entre los 1.600-1.700 m hasta los 2.200-2.300 m, todas las especies arbóreas, excepto una, se hallan ausentes. La excepción es el pino negro (Pinus uncinata) especie muy resistente que se acomoda a suelos inimaginables gracias a su estructura radical, tiene una función ecológica en la montaña de primer orden, ya que fija y protege el suelo defendiéndolo contra los aludes y la erosión. Llega más allá de los 1.700 metros, a veces la altura modifica su porte arbóreo apareciendo como arbusto o rastrero. En el Els Encantats asciende a los 2.700 metros, la cota arbórea más elevada del territorio español. El pino negro se asocia frecuentemente en el estrato arbustivo con el rododendro (Rhododendrum ferrugineum), muy frecuente en el Parque Nacional, llamado también en el Pirineo catalán boix de muntanya y, con el arándano (Vaccinium myrtillum). En las zonas soleadas predominan el enebro (Juniperus communis ssp. nana), la brecina (Calluna vulgaris), el piorno (Cytisus purgans) y la gayuba (Arctostaphylos uva-ursi).

En los abetales y pinares de pino negro nos encontramos con una de las especies más características del Parque por su identificación con el hábitat, el urogallo (Tetrao urogallus) especie relativamente abundante, es un ave perezosa para volar por su gran volumen, por lo que la mayor parte del día la emplea andando en busca de alimento. Otra especie característica de esta zona es el mochuelo boreal (Aegolius funereus) que es una especie muy rara en los Pirineos y muy dificil de sorprender, ya que inicia su actividad con el crepúsculo y se va a dormir con la primera luz del día.

Piso Alpino.

Los últimos alineamientos del pino negro marcan el límite forestal y la frontera entre el piso subalpino y alpino que aparece a partir de los 2.300 m. Este piso se caracteriza por un clima muy riguroso, donde el suelo permanece cubierto por la nieve gran parte del año, con abundantes heladas. En esta zona aparecen los prados alpinos dominados por pastos de altura adaptados a suelos ácidos y especies arbustivas adaptadas a la nieve, que son la representación más importante de la flora de los Pirineos, destacando una gran cantidad de especies de gencianas (Gentiana spp.), saxifragas (Saxifraga spp.).

En las zonas supraforestales por encima de las últimas formaciones arbóreas existe una gran diversidad de fauna. Entre las aves, la más notables por su identificación con el hábitat es la perdiz nival, que al llegar la nieve cambia su plumaje pardo por blanco que la hacen indistinguible en el paisaje. Esta especie busca mayor calor practicando madrigueras en la nieve para dormir. También vive en estas áreas el lagópodo alpino (Lagopus mutus), también de color blanco durante la época invernal. Ambas son especies muy dificil de ver, debido a su mimetismo, a su discreción y al escaso número en que se encuentran. Otras especies que habitan este entorno son el acentor alpino (Prunella collaris), el colirrojo tizón (Phoenicurus ochruros) y las chovas piquigualda (Pyrrhocorax graculus) y piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax). Aquí se encuentran también grandes rapaces como el buitre leonado (Gyps fulvus), el águila real (Aquila chrysaetos) y el quebrantahuesos (Gypaetus barbatus), auténtica joya del Parque. El Parque es uno de los lugares con más trascendencia para la recuperación de esta última especie (catalogada en peligro de extinción), ya que tiene un notable aumento anual.

El sarrio, rebeco o isard (Rupicapra pyrenaica) se reserva para las mayores cotas, aunque baja a las manchas boscosas en los meses más duros en busca de alimento. Es el mamífero más característico de la alta montaña pirenaica. No es difícil de divisar si nos paseamos por las zonas altas del Parque.

Otro mamífero característico de estas zonas es la marmota (Marmota marmota). Además de estos mamíferos se observan otros como el topo (Talpa europaea), el topillo nival (Microtus nivalis), el lirón careto (Eliomys quercinus) y el armiño (Mustela erminea), uno de los mamíferos más significativos de esta área, por su color blanco inmaculado.

Ecosistemas Rupícolas.

Son laderas calcáreas pedregosas, más o menos erosionadas o secas donde se desarrollan comunidades vegetales, compuestas por una vegetación muy especializada, que constituyen toda una serie de ambientes únicos. Los canchales son muy abundantes en el Parque. Las plantas que viven en estas áreas suelen ser muy pequeñas y poco vistosas. Localizadas en los canchales y paredes rocosas nos encontramos pastizales muy ricos florísticamente con especies como las siemprevivas (Sempervivum spp.), diversas saxifragas y una gran variedad de líquenes.

En las zonas no tan inclinadas y secas, aparecen pastizales más densos, formados principalmente por Festuca nigrescens, junto con Primula elatior subsp. intricata o Gentiana verna. En las zonas un poco pedregosas, se mezcla un sauce endémico de los Pirineos y de la Cordillera Cantábrica (Salix pyrenaica).

Las chovas piquirrojas y piquigualdas (Pyrrhocorax pyrrhocorax y P. graculus) merodean en los cielos pirenaicos distinguiéndose por su perfecto dominio del vuelo. Nidifican y duermen en las oquedades ricosas del suelo o de las peñas.

Entre las rocas es posible ver a la lagartija pirenaica (Iberolacerta bonnali), la verdadera joya de la herpetofauna del Parque, a la culebra lisa (Coronella austriaca) y a la víbora áspid (Vipera aspis), que es el único reptil venenoso del Parque. Llevando un buen calzado, prestando atención al caminar y mirando dónde ponemos las manos evitaremos accidentes.

Ecosistemas acuícolas.

Los lagos, ríos, fuentes y zonas húmedas, constituyen las comunidades acuícolas. En los lugares muy húmedos, rodeando charcas y barrancos, aparecen los trampales, que son comunidades típicas de la alta montaña del Parque. Abunda Carex nigra, mezclada con otras especies del mismo género y con los vistosos juncoides (Eriophorum angustifolium). Entre estas plantas, se pueden observar las violetas (Viola palustris), la parnasia (Parnassia palustris), la orquídea (Orchis maculata), o las violetas de agua (Pinguicola vulgaris y P. grandiflora). Los trampales también están caracterizados por la presencia de esfagnos (Sphagnum).

En estas zonas húmedas viven el sapo común (Bufo bufo), el sapo partero (Alytes obstetricans) y la salamandra (Salamandra salamandra). El sapo común y la rana bermeja (Rana temporaria) acuden a los arroyos en primavera para reproducirse, mientras que la salamandra y el sapo partero depositan las larvas en aguas mansas o en pequeñas fuentes. En las aguas fuertes y claras de alta montaña habita la trucha (Salmo trutta), y también en el medio acuático alto vive el tritón pirenaico (Euproctus asper). Entre los reptiles se cita a la culebra verdeamarilla (Coluber viridiflavus) como especie más representativa de la zona.